Изучение изменчивости полиморфизма генов кальпастатина CAST и андрогенового рецептора AR как потенциальных факторов мясной продуктивности Rangifer tarandus

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Маркерная селекция для повышения мясной продуктивности северного оленя находится в начальной стадии разработки, для которой требуется изучение изменчивости в генах-кандидатах мясной продуктивности. В качестве таких генов нами были выбраны гены кальпастатина и андрогенового рецептора для изучения их изменчивости у северного оленя. Полиморфизм и индели в гене андрогенового рецептора связывают с характеристиками роста и веса у разных видов одомашненных животных. Изменчивость в регионе гена кальпастатина CAST по результатам многих исследований была ассоциирована с качеством мяса и мясной продуктивностью скота. Анализ главных компонент по изменчивости CAST объединил диких и домашних оленей Якутии, а также диких и домашних оленей из Амурской обл., что подразумевает поток генов между локальными породами одомашненного оленя и дикими популяциями. При этом в случае обнаруженных в данном исследовании трех микросателлитных локусов в интроне андрогенового рецептора анализ главных компонент разделил диких и домашних оленей.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Е. А. Коноров

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук; Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: casqy@yandex.ru
Россия, Москва, 119991; Москва, 109316

К. А. Курбаков

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук; Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова Российской академии наук

Email: casqy@yandex.ru
Россия, Москва, 119991; Москва, 109316

М. Т. Семина

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук

Email: casqy@yandex.ru
Россия, Москва, 119991

Ю. А. Столповский

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук

Email: casqy@yandex.ru
Россия, Москва, 119991

К. А. Лайшев

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук; Северо-Западный центр междисциплинарных исследований проблем продовольственного обеспечения

Email: casqy@yandex.ru
Россия, Москва, 119991; Санкт-Петербург, 196608

Список литературы

  1. Trakooljul N. Molecular and association analyses of the androgen receptor gene as a candidate for production and reproduction traits in pigs. Göttingen: Cuvillier Verlag, 2004. 127 р.
  2. Трухачев В.И., Криворучко А.Ю., Скрипкин В.С. и др. Новые однонуклеотидные замены (SNP) в гене андрогенного рецептора (AR) у российской породы овец Джалгинский меринос //Генетика. 2016. Т. 52. № 10. С. 1169–1175. https://doi.org/10.7868/S0016675816100131
  3. Xiong J., Yang F., Hua G. et al. Identification of genetic variants within androgen receptor gene of Sika deer and its association with antler production // J. of Animal and Veterinary Advances. 2012. V. 11. № 12. P. 2059–2063.
  4. Ramadevi B., Kumari B. P., Sudhakar K. et al. Polymorphism of the Ovine Calpastatin (CAST) gene and its association with productive traits in Nellore sheep // J. of Animal Res. 2020. V. 10. № 6. P. 881–887. https://doi.org/10.1088/1755-1315/613/1/012130
  5. Corva P., Soria L., Schor A. et al. Association of CAPN1 and CAST gene polymorphisms with meat tenderness in Bos taurus beef cattle from Argentina // Genet. Mol. Biol. 2007. V. 30. P. 1064–1069. https://doi.org/10.1590/S1415-47572007000600006
  6. Li X., Ekerljung M., Lundström K., Lundén A. Association of polymorphisms at DGAT1, leptin, SCD1, CAPN1 and CAST genes with color, marbling and water holding capacity in meat from beef cattle populations in Sweden // Meat Science. 2013. V. 94. № 2. P. 153–158. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2013.01.010
  7. Ropka-Molik K., Bereta A., Tyra M. et al. Association of calpastatin gene polymorphisms and meat quality traits in pig // Meat Science. 2014. V.. 97. № 2. P. 143–150. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2014.01.021
  8. Kholodova M.V., Baranova A.I., Mizin I.A. et al. A genetic predisposition to chronic wasting disease in the reindeer Rangifer tarandus in the Northern European part of Russia // Biology Bulletin. 2019. V. 46. P. 555–561. https://doi.org/10.1134/S1062359019060074
  9. Курбаков К.А., Коноров Е.А., Семина М.Т., Столповский Ю.А. Распространение ассоциированных с болезнью хронического изнурения аллелей гена PRNP у диких и домашних северных оленей Rangifer tarandus на территории России // Генетика. 2022. Т. 58. № 2. С. 163–168. https://doi.org/10.31857/S0016675822020102
  10. Ye J., Coulouris G., Zaretskaya I. et al. Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction // BMC Bioinformatics. 2012. V.. 13. № 1. P. 1–11. https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-134
  11. Kluesner M.G., Nedveck D.A., Lahr W.S. et al. EditR: A method to quantify base editing from Sanger sequencing // The CRISPR J. 2018. V.. 1. № 3. P. 239–250. https://doi.org/10.1089/crispr.2018.0014
  12. Edgar R.C. MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput // Nucl. Ac. Res. 2004. V.. 32. № 5. P. 1792–1797. https://doi.org/10.1093/nar/gkh340
  13. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms // Mol. Biol. Evol. 2018. V. 35. № 6. P. 1547–1549. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
  14. Peakall R.O.D., Smouse P.E. GENALEX 6: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research // Mol. Ecol. Notes. 2006. V. 6. № 1. P. 288–295. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x
  15. Lê S., Josse J., Husson F. FactoMineR: An R package for multivariate analysis // J. Stat. Software. 2008. V.. 25. P. 1–18. https://doi.org/10.18637/jss.v025.i01
  16. Suleman M., Khan S.U., Riaz M.N. et al. Calpastatin (CAST) gene polymorphism in Kajli, Lohi and Thalli sheep breeds // African J. Biotechnology. 2012. V. 11. № 47. P. 10655–10660. https://doi.org/10.5897/AJB11.2478
  17. Calvo J.H., Iguácel L.P., Kirinus J.K. et al. A new single nucleotide polymorphism in the calpastatin (CAST) gene associated with beef tenderness // Meat Science. 2014. V.. 96. № 2. P. . 775–782. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2013.10.003
  18. Svishcheva G., Babayan O., Sipko T. et al. Genetic differentiation between coexisting wild and domestic Reindeer (Rangifer tarandus L. 1758) in Northern Eurasia // Genetic Res. 2022. V. 3. № 6. P.. 1–14. https://doi.org/10.46265/genresj.UYML5006
  19. Zhao H., Wu M., Wang S. et al. Identification of a novel 24 bp insertion–deletion (indel) of the androgen receptor gene and its association with growth traits in four indigenous cattle breeds // Archives Animal Breeding. 2018. V. 61. № 1. P. 71–78. https://doi.org/10.5194/aab-61-71-2018
  20. Li Y.C., Korol A.B., Fahima T. et al. Microsatellites: Genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: A review // Mol. Ecology. 2002. V. 11. № 12. P. 2453–2465. https://doi.org/10.1046/j.1365-294X.2002.01643.x

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Частоты генотипов для полиморфных сайтов гена CAST у особей R. tarandus, изученных в данной работе.

Скачать (228KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Результаты анализа главных компонент на основании частот аллелей гена CAST для изученных выборок северного оленя.

Скачать (98KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Результаты анализа главных компонент на основании частот аллелей микросателлитных локусов гена андрогенового рецептора AR для изученных выборок северного оленя.

Скачать (87KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024