Секвенирование и аннотация хлоропластного генома Triticum timonovum Heslot et Ferrary

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Впервые был секвенирован хлоропластный геном синтетической октаплоидной пшеницы Triticum timonovum Heslot et Ferrary (линия к-43065, Франция). Секвенирование пластома T. timonovum проводилось на секвенаторе Genolab M (GeneMind, Китай). Сборка кольца хлоропластного генома осуществлялась с помощью программы NOVOwrap. Размер хлоропластного генома T. timonovum составил 136158 пн. Длина области инвертированных повторов составила 21552 пн, области SSC – 12795 пн и области LSC – 80257 пн. Были сравнены хлоропластные геномы T. timonovum и различных линий T. timopheevii из GenBank. Хлоропластный геном T. timonovum линии к-43065 оказался наиболее близок к пластому T. timopheevii с номером доступа AB976560.1 и отличался от него лишь наличием одной вставки А в позиции 47891.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. Р. Кулуев

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: kuluev@bk.ru
Россия, 450054, Уфа

Р. Т. Матниязов

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Email: kuluev@bk.ru
Россия, 450054, Уфа

Б. Р. Кулуев

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Email: kuluev@bk.ru
Россия, 450054, Уфа

Л. Ю. Привалов

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Email: kuluev@bk.ru
Россия, 450054, Уфа

А. В. Чемерис

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Email: kuluev@bk.ru
Россия, 450054, Уфа

Список литературы

  1. Heslot H., Raymond R. Obtention experimentale d’un autotetraploide aberrant (Triticum timonovum) a partir de Triticum timopheevi Zhuk. // Compt. Rend. Hebd. Séances Acad. Sci. 1959. V. 248. P. 452–455.
  2. Мурашёв В.В., Морозова З.А. Сравнительный морфогенез Triticum timopheevii (Zhyk.) и синтезированного октоплоидного вида T. timonovum Heslot еt Ferrary // Вест. Моск. у-та. Серия 16. 2008. T. 63. № 3. C. 127–133.
  3. Badaeva E.D., Badaev N.S., Filatenko A.A. et al. Cytological investigation of cereal, hexa- and octoploid species containing G genome // Genetika (Mos.). 1990. V. 26. № 4. P. 708–716.
  4. Badaeva E.D., Filatenko A.A., Badaev N.S. Cytogenetic investigation of Triticum timopheevii (Zhuk.) Zhuk. and related species using the C-banding technique // Theor. Appl. Genet. 1994. V. 89. P. 622–628.
  5. Shi C., Hu N., Huang H. et al. An improved chloroplast DNA extraction procedure for whole plastid genome sequencing // PLoS One. 2012. V. 7. № 2. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031468
  6. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. 2014. V. 30. P. 2114–2120. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
  7. Wu P., Xu C., Chen H. et al. NOVOWrap: An automated solution for plastid genome assembly and structure standardization // Mol. Ecol. Resour. 2021. V. 21. № 6. P. 2177–2186. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13410
  8. Shi L., Chen H., Jiang M. et al. CPGAVAS2, an integrated plastome sequence annotator and analyzer // Nucl. Ac. Res. 2019. V. 47. P. W65–W73. https://doi.org/10.1093/nar/gkz345
  9. Zheng S., Poczai P., Hyvönen J. et al. Chloroplot: An online program for the versatile plotting of organelle genomes // Front Genet. 2020. V. 11. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.576124
  10. Katoh K., Standley D.M. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: Improvements in performance and usability // Mol. Biol. Evol. 2013. V. 30. № 4. P. 772–780. https://doi.org/10.1093/molbev/mst010
  11. Han M.V., Zmasek C.M. phyloXML: XML for evolutionary biology and comparative genomics // BMC Bioinformatics. 2009. V. 10. P. 1–6. https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-356
  12. Mori N., Kondo Y., Ishii T. et al. Genetic diversity and origin of timopheevi wheat inferred by chloroplast DNA fingerprinting // Bred. Sci. 2009. V. 59. P. 571–578. https://doi.org/10.1270/jsbbs.59.571
  13. Gogniashvili M., Naskidashvili P., Bedoshvili D. et al. Complete chloroplast DNA sequences of Zanduri wheat (Triticum spp.) // Genet. Resour. Crop. Evol. 2015. V. 62. P. 1269–1277. https://doi.org/10.1007/s10722-015-0230-x

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. а – визуальное представление в виде кольца секвенированного хлоропластного генома T. timonovum к-43065. Разными цветами отображены гены, синий круг посередине отображает уровень GC. IRA – инвертированная область повтора A, IRB – инвертированная область повтора B. Гены, расположенные за пределами внешнего круга, транскрибируются по часовой стрелке, а расположенные внутри гены – против часовой стрелки. б – филогенетическое древо, построенное на основе выравнивания нуклеотидных последовательностей хлоропластных геномов различных образцов T. timopheevii из GenBank, T. turgidum MG958546.1 и T. timonovum k-43065. В качестве внешнего вида представлен Secale cereale subsp. segetale (MZ507427.1).

Скачать (597KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024